古代商旅往来西域，正常的线路都会沿着河流、绿洲、水源地前行，一路的烽燧、驿站、亭障，都沿着水源地分布。除非别无选择，才会穿越沙漠。
玄奘没有过关文牒，只得选择穿越沙漠。
在沙漠里行走了百余里后，玄奘迷失了方向，野马泉不知所在。
玄奘走得口干舌燥，就解下装水的皮囊，打算喝一口水。不想皮囊太重，失手掉下去，把千里跋涉的贮水全部倾覆得干干净净。瞻望前路，蜿蜒盘旋，不知从哪条走为好。玄奘打算返回第四烽台重新取水。
走了十来里，思忖到：“我立愿不到天竺终不东归一步，怎么能折回？宁可就西而死，绝不归东而生！”于是拉转马辔，一心只念观音菩萨，径向西北而行。
孤身行进在大沙漠之中。四顾茫然迷蒙，苍凉辽远，人踪绝无，空无飞鸟。入夜闪烁的亮光，星星点点，仿佛妖魑魍魉举火；白昼狂风裹挟着飞沙，暴雨般地扑面撒来。
玄奘无所畏惧，一往无前。只是苦于无水，腹焦舌燥，行进非常艰难。
经历了四夜五日，滴水未沾，几近渴死。
困窘中，玄奘倒卧沙坑，向观音菩萨祷告：“玄奘此行不求财利，不为名誉，只为求无上正法。切盼菩萨慈念众生，以救苦为务。菩萨，如今我遭遇如此苦难，你难道不知道吗？”如此祈告，念念不缀，昏昏如已。
到第五日，夜半时分，一阵凉风忽然吹来，吹在身上，如通冷水沐浴一般清凉，玄奘顿时清醒过来，马也能站起来了，人马渐渐恢复L力。
玄奘准备稍稍休息一下再出发，岂料刚合眼，就梦见一大神，身高数丈，持戟呵斥：“汝！何不努力前行，而更卧也！”玄奘猛然惊醒，赶忙打马上路。
前进十里，那匹马，果然是识途老马，忽然放开四蹄朝岔路奔去。
数里后，只见一片小绿洲，长记了青草，玄奘下马，任由马儿纵情啃食。
玄奘趁隙往草地前方走了十几步，一转身发现一水池，水清澈如镜，捧一捧，甘冽无比。
玄奘带着马在草地水池旁休息了一日，人与马都恢复了L力。盛记水后，继续前进，又过了两天，终于走出了流沙河。
走出流沙就到了伊吾。伊吾是玄奘西行到达的第一个西域小国，在今天新疆哈密。
高僧从长安来的消息早已传遍西域各地。
到了伊吾，玄奘顺利地住进了一个佛寺，寺内有汉僧三人。
其中一位老者，也不知道是何时因何原因到了这里。见到玄奘中土人物形象打扮，非常激动，衣不结带，跣足奔迎，抱着玄奘失声痛哭，不能自已，哽咽道：“想不到今生还能见到故乡人！”
他乡遇故人，玄奘也伤感不已，抚着老者，半晌说不出话。
寺内的当地胡僧和伊吾王也前来参见，对玄奘的供养很是周全齐备。
稍事休整，玄奘又因高昌王力邀起身前往高昌。
高昌国在伊吾之西。高昌国，在今新疆吐鲁番一带，都城在吐鲁番东南六十里。
高昌之地，东汉时为车师前部高昌壁，东晋时为高昌郡。《北史·西域传》记载：“地势高敞，人数昌盛，因名高昌。”
设郡置县后，高昌逐渐成为中原王朝管辖西域门户。自汉以来，中原大量汉民因各种各样原因，迁往西域，高昌成为西域汉人最集中的地方。
公元499年，国人推麹嘉为高昌王，是为麹氏高昌之始。麹氏，祖籍甘肃金城（兰州一带），其祖先为汉尚书令麹谭。
麹氏高昌，国境横八百里，纵五百里，境内有城池二十一座。国力较强，有胜兵万人。国都交河城，位于今吐鲁番市东，汉代车师国王庭。土壤肥沃，禾麦均可再熟。有一种白叠草，花可用来织布，百姓风俗编发挽髻垂于脑后。
玄奘西行的时侯，高昌王为鞠文泰。麹文泰喜事礼佛，玄奘抵达伊吾时，麹文泰的使者刚好在，听到消息，立即将消息报告给国王。麹文泰当即派遣使者，命令伊吾王送玄奘前来高昌。
玄奘在伊吾住了十几天，本想取道可汗浮图（今新疆吉木萨尔以北的护堡子，位于天山北麓）继续西行，推却不过高昌国王的邀请，只得前往。
一行人越南碛，六天后到达高昌国境内的白立城（今鄯善），从这里连夜赶到王城。
此时，整个王室都在等侯高僧的到来。
玄奘刚抵城下，国王下令开启城门，亲自秉烛，出宫迎接玄奘。将玄奘安置在后院，迎坐重阁宝帐中，殷勤问侯：“弟子自从闻听法师大名，欣喜得废寝忘食。计算今夜法师必至，所以与妻子儿女都没有睡觉，诵经等侯法师。”
又叫出王妃与几十位侍女礼拜法师。交谈良久方回王宫。
第二天天刚亮，高昌王就带着王妃以下前来礼拜。
高昌王非常钦佩玄奘的勇毅，激动地说：“从长安到高昌，碛路艰险，法师独自前来，真是奇迹！”随即吩咐设下斋饭，饭后诵经，在宫侧另设道场，迎玄奘住下，派宦官侍侯。
此时高昌国国力已衰微，国王麹文泰希望玄奘留下来帮助他治理国家。他先把高昌国都城里的高僧有彖法师、国统王法师请来与玄奘相见，劝说玄奘别再西行，就在高昌住下来。
有彖法师是高昌著名的高僧，曾在长安学习，善识法相。国统王法师年逾八十，德高望重。他们遵照高昌王的意旨，与玄奘住在一起，劝说玄奘留在高昌。
玄奘自然不会应允。
玄奘在高昌停留了十余日，便向麹文泰辞行。麹文泰说：“已拜托国统王法师请您留下，不知法师意下如何？”
玄奘答道：“感谢大王美意，但留下实难遵从。”
麹文泰说：“我曾与父王游历大国，见过无数高僧名士，但都无所仰慕。今日见到法师，竟不由自主地身心欢喜，手舞足蹈。弟子打算请法师在此留驻，弟子终身供养，举国之人都让法师弟子，祈愿法师念悯弟子至诚之心，不要再西行。”
玄奘答道：“大王的厚意，岂是贫僧寡德所能担当。但贫僧此行不是为了供养而来，是为了求真经，解疑惑，了解未闻的佛法要旨，要让大乘佛法的甘露也能尽传于东土，岂可半途而分！请大王收回心意，不要以供养为念。”
高昌王不死心，试图硬来。他说：“弟子仰慕法师，必定留下法师供养。葱岭可转，此意不可移。”
玄奘反复申明，西行只为求法，法尚未得，不可中止。且大王广修福业，不仅为百姓仰赖，也是佛教的依靠，理应弘扬佛法，怎能阻碍求法。
高昌王回答：“弟子不敢阻碍佛法，只因国内无导师，所以要委屈法师留下来引导。”
玄奘依然坚辞不允。高昌王怫然变色，挽袖大声说道：“弟子自有办法处置法师。或者法师留下来，或者遣送法师回大唐，请您认真考虑。”
玄奘伤心哽咽道：“大王只能留下我的骸骨，留不下我的心。”
高昌王不听，强留玄奘，增加供养，每日亲自送饭，手捧食盘呈进。
玄奘被强留违背初衷，别无他法，决心绝食来感化国王。从此端坐，三天不进水浆。麹文泰天天来探望，玄奘只是闭目不语。
到第四日，麹文泰进呈食盘，发现玄奘气息渐绝，深感惭愧。赶紧向玄奘稽首致歉：“任法师西行，但请法师早用斋饭。”玄奘怕其反悔，要他指日为誓。
麹文泰说：“如果必须立誓，请一起到佛前再接因缘。”
高昌王和玄奘一起进入道场礼佛，在母亲张太妃面前与玄奘结为兄弟。发愿：听任法师西行求法，返回时请法师在高昌住三年，接受供养。若法师将来成佛，弟子愿为护法。条件是请玄奘再停留一个月讲授《仁王般若经》，在此期间为法师制作出行所需的各种物件。
玄奘一一应允后，结束绝食，开始进食。
第二天，高昌王另设大帐请玄奘开讲。大帐可座300人。自太妃以下僧众大臣按班次列座听讲。每次开讲前，高昌王都亲持香炉迎接，登台时，国王又跪下作台阶让玄奘登座。
一月之后，高昌王剃度了四个沙弥给玄奘作侍从，每人都换了袈裟。又拨出三十匹马，派二十五力役护送。
又制作法服30件，缝制面衣（面罩）、手衣（手套）、靴子、袜子等各种物件，准备黄金100两，银钱三万，绫绢五百匹，供玄奘往返二十年花费。
此时，高昌臣服于西突厥，高昌王室与阿史那氏突厥人有姻亲关系。所以，高昌王准备绫绡五百匹、果味五车献给西突厥叶护可汗，修书致可汗告知玄奘是其御弟，西行去婆罗门求法，请求可汗敕令西域诸国供给法师良马，顺次护送过境。遣殿中侍御史欢信持信随玄奘去可汗驻地。
又修二十四封国书，通报屈支（即龟兹，在今新疆库车一带）等二十四国，每封国书都附丰厚礼物为信物。
玄奘深受感动，写下著名的《启谢高昌王表》。向麹文泰申明：先前的佛经由远来的僧人所译，“音训不通”，又因为它距离佛陀的时代久远，教义理解分歧错乱，导致“纷纭诤论，凡数百年”，再一次表明西行求法的心迹。对国王丰厚馈赠表示感谢，盛赞国王的恩泽情谊“决交河之水”“举葱岭之山”都难以言表，但西行求法的决心不可动摇，“前途既远，不获久停”，辞别之日，必然有凄然伤感之情。
一切准备就绪，玄奘再次踏上西行之路。出发那天，高昌王麹文泰、高昌国僧侣、大臣及百姓，倾城而出送至城西。
离别之际，高昌王抱着玄奘恸哭失声，僧俗皆悲，伤离之声振动郊原。
王妃与百姓回城后，高昌王与诸高僧骑马一直送出几十里，方依依不舍地返回。